Les Troupeaux, qui sont présents dans la quasi-totalité des versions Pokémon depuis Or & Argent, font leur retour dans ces remakes. C'est comme dans Or & Argent, via la radio que cela se fait. En effet, chaque jour, prenez la station de radio en haut à droite, les Chroniques du Professeur Chen. Après quelques paroles de sa part, il informe d'un troupeau dans un certain lieu à Johto ou à Kanto. Après cela, un point d'exclamation sera marqué sur ce lieu, dans la carte. Chaque jour le Pokémon des Troupeaux changent. C'est un excellent moyen d'obtenir des Pokémon de Hoenn ou Sinnoh
